Plan de Fontaines-Saint-Martin

Le village, autrefois Saint-Martin de Fontaines (de 1245 à 1850), a été fondé par saint Martin de Tours en 377, qui avait participé à la fondation des premières communautés chrétiennes du Val de Saône lors de ses séjours répétés au monastère de l'île Barbe. Cette année là, il détruisit un temple romain dédié à Isis, dont certains restes en marbre de Carrare ont été découverts récemment lors de fouilles[réf. nécessaire]. Puis il baptisa les habitants du village aux fontaines nombreuses qui existaient, ce qui fut l'origine du nom de la bourgade. Au Moyen Âge la commune était un lieu de pèlerinage réputé[réf. nécessaire], les pèlerins venant prier Saint-Martin, premier patron de la France. Une fontaine trônant sur la place du village fait référence à l'épisode fameux de la cape que le saint partagea en deux.

Du comté de Savoie puis duché de Savoie, au royaume de France, Saint-Martin de Fontaines fut savoyarde jusqu'au traité de Turin en 1696, de nombreuses croix de Savoie dans l'église et sur le blason communal rappellent ces origines. Saint-Martin de Fontaines rassemblait les communes de Fontaines sur Saône (paroisse Saint-Louis) et de Cailloux sur Fontaines (paroisse Notre-Dame de Cailloux). Cailloux se sépara de la commune mère en 1793 et Fontaines en 1850.

Après être tombée sous la protection des comtes de Savoie au XIIIe siècle et indirectement, dans le Saint Empire, la province du Franc-Lyonnais à laquelle appartenait le village est réunie au royaume de France quelques siècles plus tard. En 1789, le Franc-Lyonnais occidental prend sa place dans le nouveau département de Rhône et Loire.